針對行政院預計將營業稅降至17%一事，台灣航運公司恐怕未蒙其惠、卻先受其害，原因在於多數航運公司的營業稅早已適用成立營運中心稅率，僅須繳納10%營業稅率，因此一旦逆勢調「漲」為17%，對於各航運公司恐造成嚴重衝擊，為此，部分船運公司將一同串聯，透過船聯會向交通部發聲。
航運公司指出，長久以來部分航運公司大多適用於政府提供設立營運中心優惠稅率，航運公司只要將營運總部設立於台灣，且同時在全球各地設立兩個以上營運據點，加上聘雇人員達一定規模，便可適用政府提供10%優惠稅率，因此一旦航運公司如須繳納政府新規定17%，勢必對於航運公司獲利造成相當程度影響。
航運公司指出，目前針對調整營業稅率達17%一事，已動員各大航運公司，據了解，目前已有中航(2612)、裕民(2606)、台航(2617)、新興(2605)等航運公司將集體向政府提出建言，不過提出建言者將不會由各航運公司獨自發聲，將透過船聯會集體向交通部抗議，或是也將藉由船運商會表達船運公司心聲。
航運公司認為，只要營業稅調漲為17%後，營運規模愈大的公司影響程度愈高，原因在於被政府課徵稅率勢必愈高，因此航運公司認為，航運業好不容易撥開烏雲見到陽光，如果因為政府調漲營業稅而再度被投資大眾所遺忘，將不是他們樂於見到。
